CVICENI GENOME BROWSER/TABLE BROWSER/BEDTOOLS

1a. Seznamte se s fungovanim UCSC Genome Browser

1b.U lidskeho genu ZNF2 zjistete pocet exonu, variantu alternativniho sestrihu a alternativnich pocatku a koncu transkripce. Zhodnotte stav chromatinu v oblasti promotoru. Ktera bodova mutace je nejfrekventovanejsi v lidske populaci? Kolik transposonu a jakeho typu se vyskytuji v intronech ZNF2?

2a. Seznamte se s fungovanim UCSC Table Browser a nastrojem BEDTools (napr. genomecov)

2b. Zjistete, jakou cast chromosomu 2 pokryvaji repetice LINE a Alu, jakou cast geny a jejich exony.

3a. Identifikujte misto v lidskem genomu verze hg38, kde do jednoho mladsiho TE typu LINE nebo LTR je vnoreno 2-4 jinych elementu.

3b. Vytvorte platny GFF3 soubor (http://gmod.org/wiki/GFF3) anotujici prislusnou oblast.