I. Reprezentace biologické sítě jako Petriho sítě

Slidy (přednáška proběhla): 

II. Statická analýza

Sekce 4.1 a 4.2 z tutoriálu:

Doplňující materiál strana 223 - 237 v článku:

Slidy: 

III. Dynamická analýza -- dosažitelnost, model checking

Sekce 4.3 a 4.4 z tutoriálu Tutorial: Petri Nets in Systems Biology.

Doplňující materiál 238 - 243 z článku "Petri Nets for Systems and Synthetic Biology".

Slidy (bez sekce "Úvod do stochastických modelů"):

IV. Cvičení

Nainstalujte si nástroje Snoopy (editor Petriho sítí) a Charlie (analyzátor Petriho sítí).

• Ve Snoopy vytvořte (kvalitativní) model Petriho sítě pro reversibilní model katalytické reakce rozepsaný na dva meziprodukty, uvažujte vhodné iniciální označkování.
  • S + E <-> ES <-> EP <-> P + E

• Analyzujte staticky následující vlastnosti na tomto modelu pomocí Charlie (k analýze vhodně využijte P-invariantů i T-invariantů):
  
  • ohraničenost
    
  • živost
    
  • reversibilita
    

• Vygenerujte graf dosažitelnosti a analyzujte pomocí model checkingu následující LTL vlastnosti:
  
  • (S > 0 & E > 0) -> (P > 0)
    
  • E == 0 -> (G ( P == 0 )
    
  • E == 1 -> (G (P > 0) )