Formální modely v systémové biologii

Lekce 06: Boolovské sítě a jejich analýza

I. Základy disktétních regulačních sítí

Domácí cvičení

1) Zadejte do nástroje GINSim v3 model výše a zkuste reprodukovat nastavení dynamiky tak, aby odpovídalo následující logické specifikaci:

  • G0(t+1) = G0(t)
  • G1(t+1) = G0(t)
  • G2(t+1) = G0(t) AND NOT G1(t)
2) Zadejte do nástroje Cell Collective (researcher verze) výše uvedenou síť a pozorujte synchronní a asynchronní simulace z iniciálního stavu 1,0,0 (G0,G1,G2). Porovnejte s grafem výpočtu vygenerovaném v GINsimu v odpovídající sémantice.


II. Parametrizované booleovské sítě


Pojem logických parametrů.


Slidy 119 - 138 z následující presentace:

Následující