Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii
Info
Course
Term
Spring 2021

Předmět PB051 se přestavbou studia na FI rokem 2021 mění. Stává se na bakalářské úrovni praktickým doplněním k předmětu IV107 Bioinformatika I (1. polovina semestru) a PA052 Úvod do systémové biologie (2. polovina semestru).

Pokročilejší problémy řešené v bioinformatické části v minulých letech (např. profilové HMM) přechází do nového předmětu PV269, kde se rovněž probírá pokročilá práce s NGS daty, anotacemi genomů a proteinovými strukturami.

I vzhledem k situaci s COVID-19 bude letos kurz hodnocen na základě dvou projektů vycházející z cvičení ve dvou částech, které budete mít za úkol dotáhnout k řešení a na zkoušce toto řešení odprezentovat a obhájit. Část hodnocení mohou jednotliví vyučující udělit i za aktivitu v semestru.

Týden 1 - Úvod - 1/3/2021
Open
Chapter contains:
2
PDF
1
Study text
Teacher recommends to study from 1/3/2021 to 7/3/2021.
Týden 2 - Sběr a příprava sekvencí ZNF - 8/3/2021
Open
Chapter contains:
1
PDF
1
Study text
1
Web
Teacher recommends to study from 8/3/2021 to 14/3/2021.
Týden 3 - hledání u rostlin, zjišťování konsenzuální sekvence - 15/3/2021
Open
Chapter contains:
1
Study text
Teacher recommends to study from 15/3/2021 to 21/3/2021.
Týden 4 - mapování výskytu v genomech, anotace - 22/3/2021
Open
Chapter contains:
1
Study text
Teacher recommends to study from 22/3/2021 to 28/3/2021.
Týden 5 - mapování anotace na strukturu proteinu - 29/3/2021
Open
Chapter contains:
1
Study text
Teacher recommends to study from 29/3/2021 to 4/4/2021.
Týden 6 - diskuse zadání hodnoceného úkolu, konec 1.části - 12/4/2021
Open
Chapter contains:
2
PDF
1
Study text
Teacher recommends to study from 5/4/2021 to 11/4/2021.
Týden 7 - Biologické sítě a genová ontologie
Open
Chapter contains:
1
Homework Vault
1
PDF
1
Study Materials
1
Study text
7
Web
Teacher recommends to study from 12/4/2021 to 18/4/2021.
Týden 8 - Integrace dat prostřednictvím biologických sítí
Open
Chapter contains:
1
Homework Vault
1
Study text
7
Web
Teacher recommends to study from 26/4/2021 to 3/5/2021.
Týden 9 - Analýza genové exprese a integrace dat
Open
Chapter contains:
1
Homework Vault
1
PDF
1
Study Materials
1
Study text
2
Web
Teacher recommends to study from 3/5/2021 to 10/5/2021.
Týden 10 - Booleovské sítě - základní principy
Open
Chapter contains:
1
Image
1
Homework Vault
1
PDF
1
Study text
2
Web
Teacher recommends to study from 10/5/2021 to 24/5/2021.
Týden 11 - Booleovské sítě - metody analýzy
Open
Chapter contains:
1
Homework Vault
1
PDF
1
Study text
2
Web
Teacher recommends to study from 10/5/2021 to 28/5/2021.
Týden 12 - Booleovské sítě s částečnou informací
Open
Chapter contains:
1
Study text
3
Web
Teacher recommends to study from 17/5/2021 to 23/5/2021.
Previous
Next