Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii
Týden 6 - diskuse zadání hodnoceného úkolu, konec 1.části - 12. 4. 2021
Sesbírejte sekvence, které tvoří širší rodinu virů, do které patří SARS-CoV-2 (minimálně 15 sekvencí, maximálně 5 SARS-CoV-2). Zvolte vhodnou vědeckou publikaci či jiný podobný zdroj informací k celkové orientaci. Sestrojte vícenásobné zarovnání sekvencí, identifikujte konsenzuální sekvenci, ORF v ní a polohu S proteinu. Vytvořte sbírků primárních sekvencí S proteinu, zarovnejte je a sestrojte fylogenetický strom. Rozdílnost aminokyselin na jednotlivých pozicích namapujte na strukturu nejbližšího proteinu v PDB.
Odevzdávejte/prezentujte soubory se sekvencemi, skripty potřebné k řešení a obrázky zarovnání a vizualizace na struktuře spolu s krátkým komentářem.
Andersen et al. 2020
The proximal origin of SARS-CoV-2
Elayadeth-Meethal et al. 2020
COVID-19 and SARS-CoV-2: Molecular Genetics Perspectives