Týden 12 - Booleovské sítě s částečnou informací
V nástroji GINsim srovnejte grafy z úkolu 9.
- jak se liší ve stavovém prostoru?
- Jak se liší v přechodech?
Prozkoumejte koncept neinterpretovaných funkcí v nástroji AEON.
https://sybila.fi.muni.cz/tools_html/aeon.html
Vyzkoušejte analýzu sítí s částečně definovanými logickými funkcemi.
https://biodivine.fi.muni.cz/aeon/aeon-manual.pdf
Seznamte se s binárními rozhodovacími stromy produkovanými nástrojem AEON.
Domácí úloha (nepovinné, zájemci odevzdat do 31.5. 15:00)
Pracujte s modelem schématu aktivační soustavy signální dráhy z předchozího úkolu (Týden 11).
Parametrizujte model neurčitou logickou funkcí kombinovaného vlivu FGFR/ERK na FRS2. Pro fixovanou hodnotu vstupní proměnné FGFR == True vypočítejte módy stability. V textovém souboru popište kolik módů stability vychází, jakou mají formu, a specifikujte odpovídající nastavení logiky regulace FRS2.
Výstup: ZIP obsahující soubor se zobecněným modelem (formát .aeon) a textový soubor popisující výsledky analýzy
ZIP soubor prosím zaslat emailem (úkol nespadá do penza povinných, ale jeho úspěšné řešení vám dodá max. 2 bonusové body, které budou využity např. v případě nerozhodné známky při finální evaluaci).