1. Kontrola úkolu z předchozího týdne. Mějte připraven anotační soubor ZNF motivů v genomech dvou genomů, ideálně jednoho živočicha a jedné rostliny (2 body). Příkazem "wc" nebo "grep -c ." můžem spočítat, na kolika místech jste motiv našli, pomoci programu IGV zobrazíme polohu v genomu vůči známým genům (je potřeba referenční sekvenci a anotaci genů, pro mnohé genomy lze stáhnout přes IGV).

2. Za účelem anotace struktury zinkového prstu, potřebujeme nejméně jeden, ideálně 2-3 proteiny, které mají náš motiv a známou strukturu (záznam v PDB). Vyhledejte programem BLAST vůči PDB nejpodobnější sekvence, zapamatujte/zapište si ID, získejte sekvenci a  strukturu.

3. Tohle už asi znáte nazpaměť: sekvenci zahrňte do mnohočetného zarovnání, získejte taky konsenzus.

4. Seznamte se s prací v programu Pymol na příkladu PDB struktury zinkového prstu z bodu 2. Očíslujte si konsenzus a zarovnání zhodně s číslováním v PDB a Pymolu. Podívejte se, které polohy ve struktuře jsou silně konzervovány a které ne. Přemýšlejte, proč tomu tak je. Zarovnejte další strukturu k první příkazem "align" a sledujte, které aminokyseliny a C-alfa uhlíky jsou nejméně a nejvíc posunuty. Souvisí to nějak s předchozí otázkou?

5. ÚKOL: Odevzdejte anotovanou a komentovanou vizualizaci řešení bodu 4 (2 body). Nastudujte zadání semestrálního úkolu (viz osnova Týden 6) a připravte si případné otázky na další týden.