Povinný projekt k části systémová biologie

max. 30 bodů

Stáhněte Booleovský model signálních drah kontrolujících imunitní odezvu buňky v závislosti na přítomnosti interferonů v extracelulárním prostředí. 

Model byl vygenerovaný strojově z SBGN diagramu nástrojem CaSQ (původní model v CellDesigneru je k dispozici zde: Interferon1_stable.xml nebo prostřednictvím FAIRDOMhub https://fairdomhub.org/models/713).

  1. Importujte model do nástroje AEON, uplatněte layout a vyčleňte vizuálně vstupní uzly dvou uvažovaných léčiv (azythromycin, GRL), vstupní fenotyp replikace viru, a výstupní uzly sledovaných biologických fenotypů. 
  2. Propojte produkované interferony s odpovídajícími vstupními proměnnými (vytvoříte tak pozitivní zpětnou vazbu). Vstupní proměnné odpovídající všem virovým proteinům nastavte na “true” (v CellDesigner SBGN modelu zabarvené růžově). Aktivujte i vstupní fenotyp replikace DNA viru. Upravený model exportujte ve formátu AEON.
  3. V nástroji AEON spusťte analýzu atraktorů, nástroj Vám nabídne pro každou zjištěnou třídu atraktorů konkrétní příklad atraktoru. Projděte všechny vygenerované příklady atraktorů a zaznamenejte, ve kterých je aktivovaný fenotyp prozánětlivého chování (inflammation). Výsledky sepište do PDF protokolu. 
  4. Pro vybraný atraktor zahrnující aktivovaný “inflammation phenotype” proveďte enrichment genů lidské buňky, které jsou v tomto atraktoru stabilně exprimované. Analýzu proveďte v Gene Ontology. Popis zjištěných výsledků přidejte do vytvořeného PDF protokolu. 
  5. [nepovinné] Analyzujte vliv obou léků na zastoupení obou sledovaných fenotypů v atraktorech. Hint:  Vytvořte rozhodovací strom s umístěním daného léku v kořeni a analyzujte stabilitu jednotlivých sledovaných proměnných v příslušných atraktorových třídách (listy rozhodovacího stromu). 

Výstup: ZIP soubor zahrnující model ve formátu AEON a průvodní protokol ve formátu PDF 

Odevzdání: https://is.muni.cz/auth/el/fi/jaro2021/PB051/ode/114797753/?fakulta=1433;obdobi=8064;kod=PB051;predmet=1323836