Pouzijeme sekvence spike glykoproteinu z SARS-CoV2 a pribuznych viru (beta koronavirus z jinych zivocichu) k sestrojeni profiloveho HMM.

Odkaz na debatu o FCS, o ktere jsem se zminil (Twitter):

Krome sekvenci, ze kterych musite vytvorit vicenasobne zarovnani, postupujte podobne jako ve cviceni 1.

HODNOCENY UKOL (max 10b). Za demonstraci pouziti jednoho z prikazu baliku HMMER 3.1 na sekvencich a modelech z cviceni nebo jim odpovidajicim (krome cviceni vyse, viz 'apropos hmm' na biolinux nebo manual k HMMER 3.1) ziskate 2 body. Odovzdavejte zip soubor s adresari pro kazdy prikaz, v adresarech vstupy, vystupy a textovy soubor s pouzitym prikazem a kratkym komentarem k demonstrovanemu prikazu (co znamena vysledek, je v souladu s ocekavanim a tak podobne).

(5 bodu) Pouzijte balicek aphid k importu pHMM spike proteinu a jeho pretrenovani funkci train() (Baum-Welch), pripadne se muzete pokusit vytvorit model primo ze sekvenci