1. ORGANIZACE KURZU

Vyučující: dr.Lexa a dr.Čechová (2.-5./12.-13.. týden, moderní NGS analýza a fylogenetika)

>50% kurzu bude postaveno na materiálu

Relevantní kapitoly pro kurz:

1. Introduction to DNA sequencing (jako přehled technik sekvenování, probírá se v jiných kurzech)

2. Quality Control and Data Preprocessing (1.týden)

5. Visualization of NGS Data (2. a 6.-7. týden)

6. DNA Sequence Alignment (jako přehled klíčových algoritmů, probírá se v IV107/8)

7. Genome Assembly Using Generalized de Bruijn Digraphs (5.týden/IV108)

10. Genome Annotation (7.-8.týden)

11. Using NGS to detect sequence Variants (2.-3. týden)

12. ChIP-seq (7.týden?)

16. Emerging DNA Sequencing Technologies and Applications (3.-4.týden?)

Hodnocení

40% zkouška (kapitoly výše, další materiály vložené do osnovy kromě značky ++)

60% cvičení a tematické úkoly

• práce s NGS daty (15%)
• anotace genomu a transkripční faktory (15%)
• anotace proteinové struktury (15%)
• fylogenetika (15%)

2. STRUKTURA GENOMU

***ÚKOL: doplnit záložky - pošlete mi e-mailem 8-16 podobných záložek k videu

Obsah (ChIP, 3C až Hi-C, LAD, TAD)

Nucleus structure - introduction to today's lecture https://youtu.be/tO--CnMDaI0?t=66
...
What is Hi-C and how it works https://youtu.be/tO--CnMDaI0?t=1104
...

End https://youtu.be/tO--CnMDaI0?t=4581

Úvod https://youtu.be/sAkH51R0DNg?t=111

Regulační elementy v genomech https://youtu.be/sAkH51R0DNg?t=222

Identifikace regulačních elementů sekvenací DNA https://youtu.be/sAkH51R0DNg?t=421

Nezodpovězené otázky https://youtu.be/sAkH51R0DNg?t=642

3. NGS DATA

viz učebnice

***ÚKOL: zjistit, ktere jsou porad funkcni nebo se vyviji a doplnit seznam novsich metod vizualizace - pošlete mi e-mailem nazvy a URL

novy format - CRAM