Část 1 -- Přehled teoretických základů

Výchozí slidy této přednášky poskytují informace o základních principech modelování v systémové biologii a základní informace o standardech pro specifikaci modelů:

Část 2 -- Cvičení k datovým zdrojům

Příklad modelu v databázi BioModels:

Příklad modelu ve službě JWSonline:

Příklad modelu ve službě e-cyanobacterium vyvíjené laboratoří Sybila:

 

Doplňující cvičení [3 body; odevzdat do 17.3.2023 12:00]

Na platformě e-cyanobacterium.org prozkoumejte model Hertel et al. 2013. Jedná se o model oscilací komponent (zejména proteinů), které představují zásadní prvky cirkadiálního rytmu sinice.

Na záložce "Simulation" spusťte přednastavenou simulaci a prozkoumejte získané křivky:

1. uveďte látky, které v datasetu neoscilují

2. srovnejte průběh křivky komponenty KaiC6_D a KaiC6_S (stručně popište, v čem vidíte rozdíl)

Výsledky uveďte do jednoho textového souboru, který vložíte do odevzdávárny níže. Kompletní data není třeba přikládat, jen požadované výsledky.