Domácí cvičení 1 (max. 5 bodů; odevzdat do 10.3. 12:00)

1) V databázi ArrayExpress nalezněte expresní data související s nemocí SARS-COV (omezeno na lidské buňky). Zaměřte se zejména na výsledky pro geny IFNB1 (interferon type I), NFKBIA, OAS1, OAS2.

2) Zobrazte abstraktní dráhu infekce SARS-COV-2 na portálu wikipathways a proklikejte se k dráze popisující reakci na imunitní odpověď prostřednictvím interferonů type I.

Označte (např. zakroužkujte) ty komponenty, o nichž jste našli evidenci zvýšené exprese při SARS-COV infekci v ArrayExpress.

3) Na webu geneontology.org proveďte analýzu nadreprezentace množiny nadexprimovaných genů z předchozí úlohy. Výsledek zpracujte formou textového souboru, v každém řádku uveďte příslušný GO proces (ID a název) a míru nadreprezentace (fold enrichment, omezte se na maximální hodnoty) v zadané množině genů.

Forma a způsob odevzdání výsledků: Do odevzdávány vložte zip balík obsahující -- 1) expresní data z ArrayExpressu (textový soubor "All normalized expressions for this experiment" profiltrovaný na vybranou množinu proteinů), 2) obrázek  wikipathways schématu ve formátu PNG, PDF nebo JPG, a 3) textový soubor výsledků GO enrichment analýzy.