Slidy k problematice:

Související výpočetní a vizualizační nástroje:

Doplňující četba k prohloubení znalostí (cíleno na silný aplikační potenciál): 

Domací cvičení [4 body]

Prohlédněte si metabolismus glykolýzy v platformě Escher-FBA (https://sbrg.github.io/escher-fba//app). Prohlédněte si tuto dráhu také na KEGGu (https://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00010), což Vám umožní širší pochopení v co se glukóza rozkládá a do jakých dalších drah se energie potom přesouvá, případně jaké produkty/meziprodukty vznikají.

V aplikaci Escher-FBA (viz odkaz výše) proveďte následující experimenty a odpovězte níže definovaným způsobem:

1) Zjistěte, jak by vypadala optimální dráha pro maximalizaci pyruvátu (metabolit pyr_e). Získejte screenshot získaných toků (export as PNG).  

2) Dále vraťte jako kritérium optimalizace maximalizaci tvorby biomasy. V modelu knockoutujte transport glukózy (reakce "D-glucose transport via PEP:Pyr PTS"). Co se změní z pohledu tvorby biomasy? Odpovězte slovním popisem v textovém souboru. 

Výstup: ZIP balík obsahující obrázek a textový soubor