Úvod do systémové biologie
Lekce 8 -- Cvičení: Specifikace modelu v nástroji CellDesigner
Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/fi/jaro2023/PA052/um/videa/PA052_L5cv1.mp4
Domácí cvičení [max. 4 bod, termín: 21.4. 12:00am]
Nainstalujte nástroj CellDesigner (viz https://www.celldesigner.org).
Vymodelujte pomocí SBGN (prostřednictvím CellDesigneru) reverzibilní reakční síť popisující následující katalytické reakce reprezentující fosforylační (resp. defosforylační) aktivity enzymu kinázy (kinase, zn. Kp) a fosfatázy (phosphatase, zn. PP) účinkující na proteinovém substrátu P:
1) Kp + P <=> Kp:P => Kp + Pp
2) Pp + PP <=> PP:Pp => PP + P
Pozn. Pp značí fosforylovanou variantu proteinu P, ':' značí komplex
Veškeré kinetické parametry jednotlivých reakcí pro jednoduchost nastavte na hodnotu 1.
Výstup: ZIP balík obsahující soubor modelu ve formátu XML (CellDesigner)