Odkazy

Petriho sítě

Booleovské sítě

Algebry procesů a rule-based modely

Chemické reakční sítě jako programovací jazyk

 

Domácí cvičení [8 bodů, termín: 14.4. 12:00am]

1) Vytvořte si účet na plaformě CellCollective a otevřete v "RESEARCH" módu. Vytvořte nový model a v něm vymodelujte dvouuzlovou regulační síť popisující jádro rozhodovacího procesu při buněčném dělení (genovou interakci mezi geny pRB a E2F1). Přidání nového uzlu - ikona '+', přidání interakce - kliknout na uzel, držet levé tlačítko myši a přejít do cílového uzlu (seberegulace - vyjít z uzlu a vrátit se zpět). Přehození aktivace na inhibici - Shift + levé tlačítko myši. Nastavení bázové produkce (hlavička panelu Regulatory Mechanism, kulatá ikonka vlevo od zavíracího křížku - šedá = 0). 

V případě zájmu možno prostudovat širší kontext publikovaný níže:

2) Na TABu Simulace (CellCollective) vytvořte novou iniciální podmínku (kliknutím na "Initial State" pole, v panelu Internal Components pak lze nastavovat ve sloupci označeném kolečkem iniciální stav). Nejprve zvolte synchronní sémantiku a vyzkoušejte simulaci při různém nastavení iniciálního stavu (celkem 4 možnosti). Nejzajímavější simulaci vyexportujte (SVG, do názvu souboru zakódujte nastavení iniciálního stavu) a pro toto inic. nastavení zkuste několik asynchronních simulací (jednu z nich také vyexportujte).

3) Uložte model a exportujte do formátu SBML. Stáhněte nástroj GINsim v3 a do něj importujte SBML model (Import SBML-qual). V menu Tools -> Run Simulation vytvořte graf přechodového systému reprezentujícího synchronní a asynchronní sémantiku. Grafy srovnejte a vyexportujte (File -> Export -> SVG).

Výstup: ZIP balík obsahující 4 SVG soubory