Domácí cvičení (celkem 6 bodů, odevzdat do 9.5. 12:00):

1) Nainstalujte nástroj Cytoscape (https://cytoscape.org) sloužící k vizualizaci a analýze biologických sítí. V nástroji zobrazte genovou regulační síť kvasinky (soubor https://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/sites/mcb.UriAlon/files/uploads/CollectionsOfComplexNetwroks/yeastinter_st.txt ve formátu zdrojový uzel, cílový uzel, typ regulace (zde nerozlišeno)). Pomocí plug-inu NetMatchStar (Cytoscape->Apps) zjistěte, kolik obsahuje tato síť výskytů podgrafů topologicky odpovídajících "obvodu" FFL:

Do textového souboru zapište zjištěný počet výskytů FFL v síti.

2) Vymodelujte topologii uvedenou výše v nástroji CellCollective (research mode). Nastavte logiku obou interakcí genu G dle vlastního uvážení a proveďte synchronní simulaci, v níž v průběhu simulace zapnete (100%) a vypnete (0%) externí proměnnou X. Vhodnou simulaci exportujte jako SVG a popište v přiloženém textovém souboru. 

Výstup: ZIP obsahující popisný textový soubor a obrázek SVG