.1. Za účelem anotace struktury zinkového prstu, potřebujeme nejméně jeden, ideálně 2-3 proteiny, které mají náš motiv a známou strukturu (záznam v PDB). Vyhledejte programem BLAST (mame i jinou moznost?) vůči PDB nejpodobnější sekvence, zapamatujte/zapište si ID, získejte sekvenci a strukturu.

3. Tohle už asi znáte nazpaměť: sekvenci/e zahrňte do mnohočetného zarovnání, posudte konzervovanost na jednotlivych pozicich zarovnani.

4. Seznamte se s prací v programu Pymol na příkladu PDB struktury zinkového prstu z bodu 1. Očíslujte si konsenzus a zarovnání zhodně s číslováním v PDB a Pymolu. Podívejte se, které polohy ve struktuře jsou silně konzervovány a které ne. Přemýšlejte, proč tomu tak je. Zarovnejte další strukturu k první (příkazem "align" nebo nastrojem "Compare Structures" v PDB online) a sledujte, které aminokyseliny a C-alfa uhlíky jsou nejméně a nejvíc posunuty v prostoru. Souvisí to nějak s předchozí otázkou? V hodnocenem ukolu napište skript pro Pymol nebo Python, který označí ve struktuře popiskem a barvou nejvíce konzervované aminokyseliny. Barvu stupňujte dle stupně konzervovanosti.

5. ÚKOL: Odevzdejte anotovanou a komentovanou vizualizaci řešení bodu 4 (poslednich 5b ode me v semestru). Nastudujte zadání semestrálního úkolu (viz osnova Týden 6) a připravte si případné otázky na další týden.