Věnujte se slidům části "Systémové paradigma – sítě interakcí".

Nahrávka semináře z 20.3.2023:

Najděte pomocí služby Search databáze ecocyc a algoritmu FASTA statisticky nejpodobnější protein následující sekvenci aminokyselin:

MHTSELLKHIYDINLSYLLLAQRLIVQDKASAMFRLGINEEMATTLAALTLPQMVKLAET
NQLVCHFRFDSHQTITQLTQDSRVDDLQQIHTGIMLSTRLLNDVNQPEEALRKKRA

V případě problémů s EcoCYC můžete zkusit totéž pomocí příslušné služby nabízené EMBL-EBI.

Prohlédněte si informace o nalezeném proteinu a jeho zapojení do biologických sítí.

Na stránce GO / download prozkoumejte různé verze ontologie.
Na stránce GO / annotations prozkoumejte anotační soubor E.coli.

Zaměřte se zejména na základní seznámení v rozsahu následující presentace:

RegulonDB je příkladem ucelené databáze genových regulačních sítí (manuálně kontrolovaných) pro E. coli. Budete-li mít čas, prozkoumejte tento zdroj z hlediska rozsahu a formy dat, které nabízí. V následující lekci jej využijeme.