Prozkoumejte nástroj Cell Collective (použijte Google Chrome).

Vytvořte si v Cell Collective účet a nalogujte se do studentské sekce (https://learn.cellcollective.org/).

Prozkoumejte model ID 11921 (obecná topologie signálních drah stimulujících MAPK pathway).

Stáhněte a prozkoumejte nástroj GINsim z lokace níže.

Cell Collective MAPK cell fate model

Cvičení 

Stáhněte a nainstalujte nástroj GINsim v3.

Vymodelujte v GINsimu v3 následující abstraktní signální dráhu růstového faktoru FGF přenášející signál na protein ERK přes receptor FGFR (pro jednoduchost není modelován) a fosfoadaptér FRS2:

Uvažujte binární domény všech proměnných a iniciální stav FGF=1, FRS2=0, ERK=0.  

Logiku kombinované regulace FRS2 uvažujte ve dvou variantách OR, AND.

Pro každou variantu vytvořte přechodový systém (run simulation) z iniciálního stavu výše. Uvažujte vždy synchronní a asynchronní verzi.