Bicciato and Ferrari (2022). HiC Data Analysis. Methods in Mol. Biology 2031, Springer Protocols, Humana Press

HiC-Pro software (FASTQ -> MATRIX)

HiTC R/Bioconductor package (stats, viz)

CVICENI

V adresari /home/lexa/pv269/hicpro na stroji hedron najdete adresar human_data_output, ktery obsahuje HiC experiment SRR15458782 zpracovan pomoci HiC-Pro_3.1.0

Jake data HiC-Pro zapsal? (seznamte se s obsahem adresare)

S jakymi parametry bezel bowtie2 pri mapovani? (log)

Podivejte se na ukazatele kvality. Jake procento HiC paru je pouzitelne? (podadresar pic)

Importujte data (iced/40000/*.matrix a raw/40000/*.bed) do HiTC

Na "Vasem" chromozomu zobrazte kontakty nad intervalem, ktery bude mit velikost v rozmezi 5-15MBp (prikaz mapC nebo plot z konce tutorialu) a idealne vlozte do obrazku i anotacni stopu pro geny.