Lekce 4 -- Modely dynamiky biologické sítě
Část 1 -- Přehled teoretických základů
Výchozí slidy této přednášky poskytují informace o základních principech modelování v systémové biologii a základní informace o standardech pro specifikaci modelů:
Část 2 -- Datové zdroje modelů
Příklad modelu v databázi BioModels:
Příklad modelu ve službě JWSonline:
Příklad modelu ve službě e-cyanobacterium vyvíjené laboratoří Sybila:
Domácí cvičení 3 -- simulace [5 bodů; odevzdat do 11.4.2024 13:00]
Na platformě e-cyanobacterium.org prozkoumejte model Hertel et al. 2013. Jedná se o model oscilací komponent (zejména proteinů), které představují zásadní prvky cirkadiálního rytmu sinice.
Na záložce "Simulation" spusťte přednastavenou simulaci a prozkoumejte získané křivky:
1. uveďte látky, které v datasetu neoscilují
2. srovnejte průběh křivky komponenty KaiC6_D a KaiC6_S (stručně popište, v čem vidíte rozdíl)
3. zjistěte v databázi PDB (https://www.rcsb.org/) pro jaký rod sinice jsou v největší míře dostupné informace o krystalické struktuře KaiC
Výsledky uveďte do jednoho textového souboru, který vložíte do odevzdávárny níže. Kompletní data není třeba přikládat, jen požadované výsledky.