Domácí cvičení [max. 5 bod, termín: 2.5. 13:00]

Nainstalujte nástroj CellDesigner (viz https://www.celldesigner.org).

Vymodelujte pomocí SBGN (prostřednictvím CellDesigneru) reverzibilní reakční síť popisující následující katalytické reakce reprezentující fosforylační (resp. defosforylační) aktivity enzymu kinázy (kinase, zn. Kp) a fosfatázy (phosphatase, zn. PP) účinkující na proteinovém substrátu P:

1) Kp + P <=> Kp:P => Kp + Pp

2) Pp + PP <=> PP:Pp => PP + P

Pozn. Pp značí fosforylovanou variantu proteinu P, ':' značí komplex

Doplňte model o kinetiku. Veškeré kinetické parametry jednotlivých reakcí pro jednoduchost nastavte na hodnotu 1. Proveďte (deterministickou) simulaci modelu z počátečního nastavení P,PP=5; Kp=10; Pp=0.

Pokud by na Vaší platformě nefungoval CellDesigner, lze úlohu realizovat v COPASI a pro grafickou (SBGN) část využít SBGN-ED.

Výstup: ZIP balík obsahující soubor modelu ve formátu XML (CellDesigner)  a obrázek vybrané simulace modelu