Přednášková prezentace (věnujte se slidům části "Systémové paradigma – sítě interakcí")

Úkol k samostatnému řešení - ukázka využití proteomických databází

Najděte pomocí služby Search databáze ecocyc a algoritmu FASTA statisticky nejpodobnější protein následující sekvenci aminokyselin:

MHTSELLKHIYDINLSYLLLAQRLIVQDKASAMFRLGINEEMATTLAALTLPQMVKLAET
NQLVCHFRFDSHQTITQLTQDSRVDDLQQIHTGIMLSTRLLNDVNQPEEALRKKRA

V případě problémů s EcoCYC můžete zkusit totéž pomocí příslušné služby nabízené EMBL-EBI.

Prohlédněte si informace o nalezeném proteinu a jeho zapojení do biologických sítí.

Úkol k samostatnému řešení - ukázka využití genové ontologie

Na stránce GO / download prozkoumejte různé verze ontologie.
Na stránce GO / annotations prozkoumejte anotační soubor E.coli.

Úkol k samostatnému řešení - seznámení se s nástrojem Cytoscape

Zaměřte se zejména na základní seznámení v rozsahu následující prezentace a tutoriálu:

Příklad anotace biologických sítí v Cytoscape pomocí ontologií (zejména Gene Ontology):

(jen pro ukázku; souvisejícími tématy se budeme více zabývat další týden)

Úkol k samostatnému řešení - seznámení se s databází RegulonDB

RegulonDB je příkladem ucelené databáze genových regulačních sítí (manuálně kontrolovaných) pro E. coli. Budete-li mít čas, prozkoumejte tento zdroj z hlediska rozsahu a formy dat, které nabízí.