Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Týden 12 - Booleovské sítě s částečnou informací, motivy v sítích


    Prozkoumejte koncept neinterpretovaných funkcí v nástroji AEON.

    AEON

    https://sybila.fi.muni.cz/tools_html/aeon.html

    Vyzkoušejte analýzu sítí s částečně definovanými logickými funkcemi.

    https://biodivine.fi.muni.cz/aeon/aeon-manual.pdf

    Seznamte se s binárními rozhodovacími stromy produkovanými nástrojem AEON.

    Cvičení


    Pracujte s modelem schématu aktivační soustavy signální dráhy z předchozího úkolu (Týden 11). 

    Parametrizujte model neurčitou logickou funkcí kombinovaného vlivu FGFR/ERK na FRS2. Pro fixovanou hodnotu vstupní proměnné FGFR == True vypočítejte módy stability. V textovém souboru popište kolik módů stability vychází, jakou mají formu, a specifikujte odpovídající nastavení logiky regulace FRS2.


    Cell Collective MAPK cell fate model

    Článek k modelu výše



    Motivy v genových regulačních sítích


    Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
    https://is.muni.cz/el/fi/jaro2024/PB051/um/lecture2022_motivy.pdf

    Prozkoumejte app NetMatch Cytoscapu, hledejte typické 3-uzlové motivy v regulační síti E. coli a kvasinky: 

    https://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/download/collection-complex-networks

    Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
    https://is.muni.cz/el/fi/jaro2024/PB051/um/data_cviceni/network_tf_gene.txt

    Analyzujte chování motivů FFL:

    1) vytvořte model FFL v CellCollective (research mode), nastavte logiku binární regulace postupně AND/OR a srovnejte rozdíly v synchronní simulaci

    2) exportujte modely do GINsim a prozkoumejte jejich asynchronní přechodové systémy

    3) analyzujte atraktory pomocí AEON


    Zadání projektu z části SB je k dispozici zde:

    Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
    https://is.muni.cz/el/fi/jaro2024/PB051/um/data_cviceni/projekt_SB.html

    Projekt Booleovské sítě
    Řešení je nutné odevzdat do dne předcházejícího dni termínu zkoušky.
    Předchozí
    Následující