PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii
Týden 1
Katedra informačních technologií Masarykova Univerzita Brno
Jaro 2024
Outline
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
Informace o kurzu
Kontaktní údaje
Informace o kurzu
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
► Kurz: Út 10:00-11:50 (A215)
► Konzultace: St 14:30-15:30 (C506)
► http ://www.f i. m u n i. cz/~l exa/teach i ng. htm I
Kontaktní údaje
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► Dr. Vít Nováček, C221 (novacek@fi.muni.cz) (7.-9. týden)
► Kurz: Út 10:00-11:50 (A215)
Kontaktní údaje
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► Dr. David Šafránek, A408 (xsafran1@fi.muni.cz) (10.-12. týden)
► Kurz: Út 10:00-11:50 (A215)
Klasifikace
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► Hodnotí se
► Úkoly 2x5 bodů = 10 (jenom dr.Lexa)
► Projekt 3 x 20 bodů = 60
► Zkouška (prezentace projektů) 3x10 bodů = 30
► Klasifikační stupnice
►	A 90- 100
►	B 80 - 89
►	C 70 - 79
►	D 60 - 69
►	E 50 - 59
►	F méně než 50
Osnova
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► Práce se sekvencemi, konsenzuální sekvence, ortology, fylogenetický strom, anotace genomů a proteinů.
► Rekonstrukce sítí, integrace dat
► Dynamická analýza sítí, modelování
Analýza sekvenčnch a strukturních dat
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► Zdroje dat NCBI, PDB
► Prohlížeče genomů (UCSC, Ensembl, IGV)
► Mnohočetné zarovnání a konsenzuální sekvence
► Identifikace a vizualizace sekvenčn podobnosti, fylogenetick stromy
► Anotace a vizualizace GFF3/BED souborů
► Vizualizace 3-D struktury proteinů
Náplň predmetu - část systémová biológie SSSJäíäž
11 J ^ biológii - Týden 1
Informace o kurzu
► metody a nástroje statické analýzy a integrace dat
► integrace dat
► rekonstrukce sítě genových interakcí z experimentálních dat
► analýza interakční sítě jako obecného grafu
Metody a nástroje statické analýzy
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► statická analýza sítí a integrace dat
► nástroje: Cytoscape s několika moduly
► rekonstrukce genových regulačních sítí z microarray dat
► nástroje: GeneNetworks, Hugin
► dynamická analýza kvalitativních modelů genových sítí
► nástroje: GinSim, CelICollective