Potřebujete přidat soubory latexmkrc (což je v podstatě Makefile) a kompiluj.sh (který si samozřejmě můžete pojmenovat i jinak).

Latexmkrc

Musí obsahovat text:

$pdflatex = 'bash kompiluj.sh %O %S';

(V šabloně fithesis soubor latexmkrc je, pokud nepotřebujete sázet rejstřík, mělo by být v pohodě obsah vymazat. Ale u druhého řádku si tím nejsem 100% jistá.)

Kompiluj.sh

Tenhle soubor musíte přidat. Vložte do něj text:

vlna -r -l -v KkSsVvZzOoUuAaIi "${!#}"
pdflatex "$@"

Příklad

Minimální příklad i s vysvětlením, co znamená který zástupný znak, najdete zde:
https://www.overleaf.com/project/6361989c22613277a9c02634

(Autor textu v ukázce je (nejspíš) Petr Sojka, řešení pro Overleaf stvořil Vítek Starý Novotný. Vzniklo to pro předmět PB029 Elektronická příprava dokumentů.)