Je mnoho způsobů...
kontrolní tisky - System.err.println(...)
System.err.println(...)
řádkovým debuggerem jdb
jdb
integrovaným debuggerem v IDE
pomocí speciálních nástrojů na záznam běhu pg.:
nejrůznější "loggery" - standardní poskytuje od JDK1.4 balík java.util.logging nebo alternativní a zdařilejší log4j
java.util.logging
log4j