dovoz levné zemědělské produkce z nákladově příznivějších regionů světa
tlak obchodních řetězců, monopolizace
vysoké náklady na plnění a dodržování evropských norem zaměřených na zemědělství, ochranu životního prostředí a zpracovatelský průmysl
ztráta pracovních míst a v některých oblastech vylidňování venkova
odchod specialistů ze zemědělských podniků v důsledku nekonkurenceschopných platebních podmínek v sektoru
klimatické změny a změny v hydrologickém režimu krajiny
nedostatečná informovanost o přírodním a kulturním dědictví
pomalý proces komplexních pozemkových úprav
nízká kupní síla venkovského obyvatelstva, malý investiční kapitál
ohrožení cenných stanovišť, vzácných a ohrožených druhů rostlin a živočichů v zemědělsky obhospodařované krajině.