ILP & BioData
ILP pro hledání vztahů mezi genotypem, fenotypem a snášenlivostí léčby
1) Popis dat (tabulka)
2) Motivace pro ILP
3) Transformace dat do formátu pro ILP
4) Doménová znalost
5) Příklady výstupu ILP
ILP & BioData
Popis dat
Lékařská data
Vliv léku na rychlost metabolizace určitého proteinu (MR)
Několik částí:
Údaje o pacientovi Dotazník vedlejších příznaků Genotyp pacienta
Detail genotypu (více možných hodnot)
M R před a po léčbě
Fenotyp pacienta (diskretizované MR)
Obsahují struktury špatně dělitelné do tabulky
U některých atributů chybí hodnoty (ale atribut je důležitý)
Klasické metody strojového učení neuspěly
Jde spíše o zisk informací o datech, než o prediktivní model
ILP & BioData
Převod dat
Formát dat pro Aleph Aleph - implementace v SWI prologu Relační model (Prologovské klauzule) Sloupce ~ Predikáty
ILP & BioData
Doménová znalost
Doménová znalost = prologovské pravidlo Př: stary(pacientl):- vek(X), X>80. Přidává do dat další informaci
ILP & BioData
Príklad výstupu
[Rule 1] [Pos cover = 7 Neg cover = 0] fenpo(A) :-anxieta(A, 2), unava(A, 1).
[Rule 2] [Pos cover = 10 Neg cover = 0] fenpo(A) :-somnol(A, 0), fenpred(A, B), genetl(A, 1).