Případové studie Molekulový docking oooooooooooooooooooc Simulace měkkých tkaní Molekulový docking, simulace měkkých tkání Jiří Filipovič podzim 2009 □ gP •f)<\(y tm*mwmmMm.m*mm Případové studie V závěru předmětu se budeme zabývat studiemi konkrétního nasazení CUDA • pro lepší představu, k čemu všemu se dají akcelerátory využít • chápeme-li práci jiných, pomůže nám to v práci vlastních • rozdílné obory často sdílí mnoho společných principů • pokusíme se o nabídku přesahující zkušenosti přednášejících • budou následovat zvané přednášky :-) □ s ■O Q-C* Problém „zadokovánf (zapadnutí, zaskočení) jedné molekuly do druhé • zpravidla dokujeme malou molekulu (ligand) do velké (receptor, většinou protein) • hledáme stabilní komplex, kde je jedna molekula navázána na druhou • zajímá nás, aby bylo navázání v aktivním místě receptoru • tím modifikujeme vlastnosti receptoru (aktivace či inhibice) Aplikace • vývoj léků • likvidace znečistení • cokoliv těžící z možnosti upravovat vlastnosti proteinů 52 Případové studie Molekulový docking o«oooooooooooooooooc Simulace měkkých tkaní Molekulový docking z výpočetního hlediska Můžeme uvažovat „tvar" molekul, nebo jejich silová pole • my se budeme zabývat silovými poly Molekuly na sebe působí silou, hledáme komplex s nejnižší potenciální energií • můžeme na mřížce předpočítat silové působení receptoru • následně můžeme hledat takové umístění ligandu, které má nejmenší energii vůči mřížce • tím redukujeme časovou složitost z ö(n ■ tri) na ö{m) pro receptor o velikosti n a ligand o velikosti m atomů (m << rí) My se budeme zabývat předpočítáním silového pole. □ s ■O Q-C^ Případové studie Molekulový docking oo»ooooooooooooooooc Simulace měkkých tkaní Výpočet Coulombovského potenciálu Potenciál v konkrétním bodě mřížky je dán vztahem V> = E