Cviceni 2 - 23.4.2012

1. Identifikace druhu zastoupeneho v mikrobiomu z vysledku sekvenovani DNA

Ve vzorku mikrobialniho druhu izolovaneho v samostatne kulture byly 
identifikovany sekvence:
cttgttgactgagatacgcacacgcttgtga
tgcggccggaactgaatcaattgccagcgcgcgcaaatgaa
taactcagacatatcatgaactatatta

O jaky druh se nejpravdepodobneji jedna?

2. Seznamte se s prohlizecem genomu Ensembl (http://www.ensembl.org; http://www.ensembl.org/info/website/tutorials/index.html)

Vyhledejte informace o genu MYO6

- co je jeho biologickou funkci?
- ktere geny jsou v genomu cloveka pobliz na 5´ a 3´ strane?
- kolik alternativnich transkriptu je znamych pro lidsky MYO6?
- exportujte sekvence jednotlivych transkriptu
- pripravte vicecetne zarovnani jejich sekvenci (CLUSTALW a BOXSHADE, viz cv.1)
- ktere useky genu jsou pro tyto transkripty spolecne?
- o jaky typ alternativniho sestrihu se v jednotlivych pripadech jedna (srovnavejte s transkriptem MYO6-001)?

== BONUS 1 bod ==
== Ziskejte sekvence 1.exonu genu BRCA2 u cloveka, mysi a tri dalsich organismu
== Pomoci CLUSTALW a BOXSHADE zjistete pocet spolecnych nukleotidu a procento,
== kterym se delky jednotlivych exonu lisi od teto hodnoty. Odevzdejte vicecetne
== zarovnani a spocitane hodnoty

3. Proteomika (http://prospector.ucsf.edu)

Byl analyzovan neznamy protein stepenim trypsinem a metodou MALDI-TOF. 
Vysledne spektrum obsahovalo nasledujici hodnoty m/z

801.0260
849.0024
873.0463
924.1379
977.0274
999.1779
1037.2984
1099.3342
1133.2100
1162.3991
1172.4222
1199.2235
1355.4121
1403.7347 	
1516.7126
1549.9036
1611.9094
1624.9082
1630.8088
1645.7798
1745.9416
1791.9674
1855.1278
1948.1747
1955.2755
1976.2053
2095.3338
2157.4549
2216.4899
2494.8162
2604.0620
3423.0156
3821.4537

Pomoci nastroje MSFit identifikujte neznamy protein.

Jak vypada teoreticke spektrum pro identifikovany protein (pouzijte MSDigest, 
kolik ma fragmentu a jaka je jejich min. a max. molekulova hmotnost)?  
Jak s lisi zadane a teoreticke spektrum? 
Cim by se rozdily dali vysvetlit?

== BONUS 1 bod ==
== Zobrazte dane spektrum graficky a vyznacte "peaky", ktere dle vysledku 
== z cviceni identifikuji dany protein.

4. Individualni domaci ukol:
Seznamte se s programem Pymol (www.pymol.org) (existuji starsi 
verze ktere lze volne nainstalovat: http://sourceforge.net/projects/pymol/)

Zobrazte protein 1A06 tak, aby byly barevne rozliseny sek.struktury
(alfa modre, beta cervene, zbytek zelene) v rezimu "cartoon". Oznacte 
zlute vsechny cysteiny s vykreslenim postrannich retezcu  a bilou vsechny 
postranni retezce aromatickych aminokyselin.

== BONUS 2 body do 7.5.2011 == 
== Napiste skript ktery tento ukon automaticky provede na libovolnem proteinu.
== poslete obrazek vygenerovany na Vami zvolenem proteinu odlisnem of 1A06