Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Fakulta informatiky Masarykova univerzita Brno PV162 Projekt z digitálního zpracování obrazu podzim 2015 Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Požadavky k získání kolokvia •Vykonání práce dle oficiálního zadání pod vedením uvedeného vedoucího •Prezentace výsledků práce nejpozději v posledním týdnu semestru, tj. před začátkem zkouškového období •Dopracování připomínek vzešlých z diskuse po prezentaci a odevzdání práce vedoucímu • Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Přehled témat •Detailní zadání je uvedeno v ISu, zde jsou naznačeny jen hlavní body •Zadání jsou v principu tří typů •Programátorská •Implementace zadaného algoritmu podle odborné literatury •Tvořivá •Hledání vhodného postupu pro řešení daného problému •Studie •Srovnání chování algoritmů na zadaných datech • Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Detekce křivočarých struktur v biomedicínském obraze •Úkolem je naimplementovat metodu na detekci tenkých křivočarých struktur, která je podrobně popsána v odborném článku, a otestovat její chování na dodaných obrazových datech. Tento projekt lze rozšířit na bakalářskou práci. •Martin Maška •Není omezeno (C++, Java, Matlab) C:\Users\xmaska\Desktop\icip2015\input_data\crop_2M_06.tif Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Kvantifikace velikosti pórů kolagenových sítí •Úkolem je naimplementovat přístup na kvantifikaci velikosti pórů kolagenových sítí, který je podrobně popsán v odborném článku. •Martin Maška •C++ C:\Users\xmaska\Desktop\cbia_presentation\2M.gif Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Segmentace dotýkajících se objektů s nepravidelným tvarem •Úkolem je naimplementovat jednu z nedávno publikovaných metod na segmentaci dvourozměrných dotýkajících se objektů s nepravidelným tvarem. Tento projekt lze rozšířit na bakalářskou práci. •Martin Maška •Není omezeno (C++, Matlab, Java) Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Rozpoznávač šachových diagramů z naskenované předlohy •Úkolem je implementovat rozpoznávač šachových diagramů. Vstupem bude sken stránky se šachovými diagramy. Výstupem bude textový soubor (např. v PGN formátu) popisující rozpoznané diagramy. • •Pavel Matula •Není omezeno 10: B: Ke3, Db1 Č: Ke1, Sc3, d2 14: B: Ke6, Vh7 Č: Ke8 18: B: Kg1, Je5 Č: Kh8, Vg8, h7, g7 Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Segmentace exosomů v obrazech z TEM •Úkolem je navrhnout a implementovat vhodnou metodu na segmentaci exosomů a mikrovezikul (jsou to poměrně kontrastní oválné objekty) v obrazech pořízených pomocí transmisního elektronového mikroskopu. • •Pavel Matula •Není omezeno Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Vyhodnocení orientace, délky a tloušťky vláken cytoskeletu •Úkolem je navrhnout a implementovat vhodnou metodu na hodnocení orientace, délky a tloušťky vláken v obraze cytoskeletu pořízeného pomocí mikroskopu. •Pavel Matula •Není omezeno Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: ImageJ p. pro segmentaci obrazů buněčných kolonií •Cílem projektu je implementovat ImageJ plugin pro segmentaci kolonií buněk a vyhodnocení jeho přesnosti. •Petr Matula •Java Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Lokální prahování tubulárních struktur •Cílem projektu je implementovat a otestovat metodu lokálního prahování dle zadaného článku a otestovat ji na obrazech tubulárních struktur •Petr Matula •Bez omezení Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Srovnání metod adaptivního prahování na biomedicínských obrazech •Cílem projektu je porovnat metody adaptivního prahování na dodaných biomedicínských obrazech vzhledem k referenční segmentaci. Výstupem bude srovnávací studie (textový dokument). •Petr Matula •Nutně nevyžaduje programování Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Studium vlivu volby prahu na měření míry překryvu •Cílem projektu je vybrat vhodnou metodu automatické volby prahu pro zadané 3D obrazy, zjistit jak změna prahu ovlivňuje výsledky výpočtu míry překryvu a diskutovat dosažené výsledky. •Petr Matula •Bez omezení Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Simulace snímání pomocí fázového kontrastu •Student vytvoří modul pro simulaci činnosti mikroskopu založeném na principu fázového kontrastu. Vychází z lineárního filtrování. •David Svoboda •C++ Světelná mikroskopie Fázový kontrast Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Návrh a implementace generátoru buněčných populací •Student vytvoří modul pro generování shluků buněčných populací. Generátor bude mít volitelné parametry pro určování odlišné míry shlukování a tvaru shluků. • •David Svoboda •C++ 50% shlukování 100% shlukování Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Implementace měr uspořádání buněk v obraze •Cílem projektu je naprogramovat a vyzkoušet některé algoritmy, jejichž cílem je klasifikovat fázi růstu buněčné sítě. • • • • • • • Méně pokročilá fáze Více pokročilá fáze •Vladimír Ulman •Libovolný, preferuji C++ nebo Matlab Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Gravitační algoritmus pro uspořádání buněk v obraze •Cílem projektu je naprogramovat, vyzkoušet a případně adaptovat algoritmus, jehož cílem je klasifikovat fázi růstu buněčné sítě. • • • • • • •Vladimír Ulman •Libovolný, preferuji C++ nebo Matlab Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Implementace exportu AVI z programu viewer4d •Implementace exportu sekvence obrazů do AVI for-mátu pomocí svobodné a kompatibilní(!) knihovny a kodeku. •Vladimír Ulman •C++ Projekt z digitálního zpracování obrazu PV162 Vedoucí: Možné programovací jazyky: Optické měření srdečního pulsu pro Noc vědců •Vytvoření aplikace zobrazující zesílení fluktuace barevného odstínu kůže vlivem proudění krve. •Vladimír Ulman •pravděpodobně Matlab, libovolný Příklad fluktuace barvy kůže, zdroj: http://people.csail.mit.edu/mrub/evm/