IV108 Bioinformatika II
2. týden 5.10.2016
Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/1433/podzim2016/IV108/um/IV108-02-2009.pdf
Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/1433/podzim2016/IV108/um/Xu_et_al_2009_cma.pdf
Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/1433/podzim2016/IV108/um/journal.pcbi.1000923.pdf
1. Identifikujte protein v PDB, ktery patri do rodiny dalsich aspon 10 sekvenci (PDB, BLAST/PFAM, Clustal W/Omega)
Kod proteinu zapiste do https://docs.google.com/document/d/1cy7c4m2213hDdFCfNPy6ajAktbmqxzGzv9zCXI7SPtA/edit?usp=sharing aby mel kazdy jiny protein.
2. Identifikujte ve vicenasobnem zarovnani korelovane pozice a sve vysledky porovnejte s vystupem programu CMAT
3. Vizualizujte 5 nejsilnejsich korelaci ve vhodnem prohlizeci struktur (Pymol, Protein Workshop)
Pozor na rozdily v cislovani pozic mezi PDB a CMAT!
## Odevzdejte vicenasobne zarovnani sekvenci s vyznacenymi korelovanymi pozicemi, obrazek struktury s kratkym popisem (1bod)