Projekt z bioinformatiky II – IV114 Radek Meloun
Specifikace projektu:
Cílem projektu je pokusit se identifikovat v relevantních datech z PDB proteiny se změněnou
konektivitou. Práce bude zahrnovat otestování a příslušnou modifikaci vhodných nástrojů
(především dříve připravený program ConnectId), dále výběr vhodných dat k analýze, provedení
analýzy a řešení problému filtrace a interpretace výsledků.
1. Otestování programu nad modelovými daty
• Ověření správnosti programu.
• Ověření reálné rychlosti běhu.
• Modifikace kódu dle zjištěných problémů.
2. Výběr relevantních dat z PDB pro další zpracování
• Určení kritérií vhodnosti dat pro hledání změněné konektivity.
• Technika vyhledávání vhodných dat (nástroje, PISCES, CULLED...).
3. Spuštění nad vybranými daty
• Otestování vhodného nastavení parametrů.
• Odhad doby výpočtu nad konkrétními vybranými daty.
• Technické řešení spuštění výpočtu (na jakých strojích a jakým způsobem).
4. Filtrace výsledků
• V závislosti na výstupu upravovat nastavení výchozích parametrů.
• Zjistit, co jsou dobré výsledky a ty se pokusit vyfiltrovat.
5. Interpretace výsledků
• Zajímavé výsledky pro názornost vizualizovat (PyMol), vytáhnout příslušné sekvence
apod.
• Tyto výsledky dále interpretovat – zda se nejedná jen o triviální případy (sekundární
struktury apod.).