DENDROSCOPE
PA055
Jiří Těthal
Dendroscope
• Freeware program (JAVA)
• Vizualizace dendrogramů
• Interaktivní rozhraní nebo režim příkazového řádku
• Dostupný z www.dendroscope.org
Popis
• Optimalizován pro metagenomické analýzy
• Pracuje s fylogenetickými stromy a sítěmi obsahující
stovky až stovky tisíc taxonů
Funkce programu
• Stromy lze zobrazit, prohlížet a upravovat
• Možnost zobrazení více stromů v m x n mřížce
• Zvětšení a detailní náhledy
• Grafická úprava pomocí různých barev, tloušťky čar a
písma
• Editace listů, vnitřních uzlů a hran
• Stromy a sítě lze kopírovat a vkládat mezi různými okny
• Lze spočítat konsensuální stromy a kořeny fylogenetické
sítě
Formáty dat
• Vstupní formáty
• DENDRO, NEXUS, NEWICK, NEXML, TXT, TEXT
• Výstupní formáty
• JPEG, GIF, SVG, PNG, BMP, PDF
Možnosti zobrazení
• Phylogram
• Kruhový
• Radiální
• Obdélníkový
• Cladogram
• Kruhový
• Obdélníkový
• Šikmý
• Unrooted diagram
Regular phylogram
Regular cladogram
Cilcular phylogram
Circular cladogram
Radial phylogram
Radial cladogram