FCB: 48-55 || UB: CH 3

CVICENIE

1. Najdite gen ACC-syntaza u rajciny.

   - sekvencia a ID (NCBI)
   - ako vyzera zlucenina a v akych biochemickych reakciach vystupuje? (KEGG, Google Image)

2. Najdite kandidatov na ortology u inych druhov (NCBI BLAST, Ensembl)

3. Z najdenych sekvencii vyberte ortology pravidlom "best reciprocal hit" (NCBI BLAST)

4. Vytvorte viacnasobne zarovnanie a zvyraznite zachovane miesta (CLUSTAL, TEXSHADE/BOXSHADE)

5. Zistite, ci ACCS v nejakom genome ma rovnakych susedov ako u cloveka (UCSC Genome Browser)
6. Porovnajte ponuku informácií so systémom ENSEMBL (https://www.ensembl.org/index.html)

NAZNAK RESENI

1) Pres klicova slova najdete napr.: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/924183609

2) Vpravo odkaz "Run BLAST" vyhleda podobne sekvence (pro citlive vyhledavani prepnout na program blastn, Submit)

3) Vybrane sekvence si ulozte za pomoci odkazu "FASTA", pro ruzne druhy vyberte vzdy sekvenci, ktera je nejpodobnejsi (nejvyse v seznamu)

4) U kazde sekvence provedte vyhledavani BLASTem, puvodni sekvence se musi objevit jako nejpodobnejsi z rajcete. Pokud ne, prislusnou sekvenci vyradte, nesplnuje podminku "best reciprocal hit"

5) Sekvence zarovnejte: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

6) Vysledek muze vyzadovat konverzi do formatu "FASTA alignment" http://sequenceconversion.bugaco.com/converter/biology/sequences/clustal_to_fasta.php

6) Zarovnani obarvite - napriklad nastroj BOXSHADE je dostupny na https://embnet.vital-it.ch/software/BOX_form.html nebo po instalaci na vlastnim pocitaci