SKUPINA 1 – DNA sekvence (jednotlivě)
Zjistěte co nejvíce informací o lidském genu BRCA1
1) jaké má identifikátory a synonyma (NCBI, Ensembl)
2) Kde se nachází v lidském genomu
3) Jakou má sekvenci
4) jaká je struktura genu (exony, introny)
5) Jaké podobné sekvence jsou známé u savců a kterých, je něco
podobného ve kvasinkách?
SKUPINA 2 – DNA (sekvenační data)
1) Hledejte sekvenační experiment na lidské DNA s párovými “ready”
(SRA, ENA)
2) Pro Vámi vybraný experiment, jaké jsou parametry (typ sekvenace,
biologický materiál)
3) Kolik RNA-seq experimetů je zveřejněno u knotovky bílé (silenka
širolistá)
4) Jaké jiné experimenty kromě DNA-seq a RNA-seq obsahují veřejné
databáze?
SKUPINA 3 – Proteiny (sekvence i struktura)
1) Jaká je sekvence a doménové složení lidského proteinu BRCA (Uniprot)
2) S jakými jinými doménami se kombinují domény BRCA1 (Interpro,
Pfam)
2) Je známá struktura BRCA1? (PDB)
3) Jaké má struktura proteinu vlastnosti (sekundární struktura, příslušnost
k rodině a pod.)
4) Jaké podobné protiny existují u jiných organismů