CVIČENÍ - Detekujte transpozon v ATHILA4-1 sekvenci v GypsyDB, nejprve pomoci dotmatcher (https://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/dotmatcher) pak genome tools ltr-harvest (http://avrilomics.blogspot.com/2015/09/ltrharvest.html).

2 body Za pomoci vhodnych nastroju naleznete a analyzujte nukleotidovou sekvenci libovolneho LTR-retrotransposonu. Identifikujte minimalne LTR opakovani a sekvence kodujici gag a pol geny nebo jejich zname casti. Vytvorte GFF3 soubor popisujici hierarchickou strukturu tohoto LTR elementu a za pomoci aplikace AnnotationSketch z balika Genome Tools element vizualizujte. Odevzdavejte obrazek, GFF3 a kratky komentar.