Vizualizace aVizualizace a
identifikace organismů videntifikace organismů v
metagenomickýchmetagenomických
studiíchstudiích
Karel Sedlář
Jiří Těthal
Tomáš Reigl
PA055 Vizualizace komplexních dat
projekt
PPopis datopis dat
• amplikonové sekvenování 16S rRNA
vzorků vod
• pomocí DNA barcodingu kvantitativně
určeno složení mikroflóry
• qPCR genů antibiotické rezistence
z rybích vzorků
DDůvod studieůvod studie
• celosvětový obchod s rybami z dálného východu je
velice rozšířený
• antibiotika v chovu nejsou používána pouze jako
léčba, ale masivně také jako prevence před
transportem
• otázka vzniku antibiotické
rezistence
• ve vodě je masivní
horizontální přenos
genetické informace
Normalita datNormalita dat
• Použity testy Komolgorov-Smirnov a Shapiro-Wilks
• Rozložení dat není normální - použití
neparametrických statistických technik
Analýza hlavníchAnalýza hlavních
komponent (PCA)komponent (PCA)
• 86,25% variability vyčerpává pouze jediná faktorová osa
• velká korelace jednotlivých skupin
Shluková analýzaShluková analýza
• hierarchické aglomerativní shlukování metodou
nejvzdálenějšího souseda (complete linkage) na
euklidovské metrice
Korelační analýzaKorelační analýza
• taxon-gen
třída čeleď
Korelační analýzaKorelační analýza
• taxon-gen
rod
Korelační analýzaKorelační analýza
• taxon-taxon
třída čeleď
Korelační analýzaKorelační analýza
• taxon-taxon
rod
ZávěrZávěr
• na základě popisné statistiky byla navrhnuta
vizualizační strategie, která doposud pro zdrojová
data není typická
• poskytuje přehledné znázornění vztahů v mikroflóře
• dokazuje možnost použití heatmap i na jiná než
microarray data
Děkujeme za pozornostDěkujeme za pozornost