Interactive Syllabus

Prednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: St 14:30 - 15:30, nebo dle domluvy
Rozvrh: (podzim 2022)  (Ct 18:00-19:50)

Kurz vyžaduje základní znalosti z bioinformatiky, elementární znalosti programování v libovolném jazyce (nejlépe něco jako kombinace bash/(Perl)/R/Python pro flexibilní skriptování/programování, uplatní se i C/C++/Java, poslední dobou začíná být aktuální Julia) a uživatelskou znalost OS UNIX.

Jedná se o předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl umožnit studentům pochopit a navrhovat vybrané výpočetní postupy pro práci s biologickými sekvencemi a strukturami.

HLAVNÍ STUDIJNÍ LITERATURA

1) Jonathan, Pevsner (2009, 3.vydani 2015). Bioinformatics and Functional Genomics (prezencne knihovna FI nebo PDF v materiálech kurzu)

CHAPTER 1 INTRODUCTION (relevant, but no specific subjects covered)

CHAPTER 2
Access to Information: Genome Browsers 49-60

CHAPTER 3
Scoring Matrices 79-96
Fasta and Blast 103-112

CHAPTER 4 BLAST 121-160

CHAPTER 5
Specialized BLAST 167-181
Search Genomic DNA Rapidly 186-194
Mapping/Aligning NGS Reads 194-198

CHAPTER 6
Repetitive DNA Content 323-334

CHAPTER 9 Analysis of NGS Data 377-424

CHAPTER 10 RNA
Non-coding RNA 436-449

CHAPTER 11
RNA-seq 519-531

CHAPTER 12 PROTEINS
Four perspective on Proteins 551-578

CHAPTER 13 PROTEIN STRUCTURE 589-625

CHAPTER 14
Genome Analysis 720-743

CHAPTER 20
Human Genome 957-979

GLOSSARY 1075-1101 (many but not all terms relevant)

DOPLŇKOVÁ LITERATURA

1) Deonier, Tavare, Waterman (2005). Computational genome analysis: an introduction (prezenčně knihovna FI nebo dokumentovy server)

Rozsah pro kurz:
37-45, 48-98 Words, word distributions and occurences

2) Orengo, Jones, Thornton (2003). Bioinformatics: genes, proteins and computers (prezenčně knihovna FI

(29-64 Sequence comparison methods)

81-150 Protein structure

395-398, 437-442 CH16: Maps, mapping, sequencing and superstrings

PRAKTICKÁ PŘÍRUČKA

Gibas and Jambeck (2001) Developing Bioinformatics Skills

http://www.bio-nica.info/biblioteca/Gibas2001DevelopingBioinformatics.pdf

ZÁKLADY BIOINFORMATIKY, GENOMIKY A PROTEOMIKY

Obzvlášť pokud jste neabsolvovali kurz IV107 můžou se Vám hodit některé kapitoly z učebnice tohoto předmětu:

1) Zvelebil, Baum (2008). Understanding bioinformatics (v knihovně).

2) Nosek et al. (2013). Genomika (v knihovně FI).

---

Určené pasáže povinné a doplnkové literatury, prezentace z přednášek (PDF a PPT), obsah cvičení a materiály označené hvězdičkou jsou povinnými materiály ke zkoušce.