SKUPINY V PROJEKTU:

1. Anna Hýsková, Vojtěch Máčala

2. Pavol Mišenko, Samuel Šuľan, Jakub Horváth

3. Filip Jozefov, Adam Michalík

4. Dávid Meluš, Šimon Varga, Viktória Bendíková

5. Patrik Begáň, Martina Linartová

6. Markus Blahuta, Tomáš Pavlík

========

Pokud některá dvojice projeví zájem řešit projekt z pohledu systémové biologie, nebude Vašim cílem určit druhovou skladbu analyzovaného vzorku, nýbrž jeho podpora pro přítomnost určitých signálních a metabolických drah. Výstupem by mohla být  nějaká exotická dráha, která je ve vzorku zastoupena a nějaká další, ve které některé kroky zjevně chybí.

R-Bioconductor packages applicable to analysis of sequences mapped to KEGG:

---

+

---

---

+

---

CVIČENÍ

1. Vyhledejte v databázi KEGG informace o glykolýze. Který enzym katalyzuje izomeraci glukózo-6P na fruktózo-6P? Jaké je jeho EC číslo, jaký je název? V kolika organizmech sa nachází a jaké je jeho označení a sekvence proteinu a genu v E.coli?

2. Vyberte 3 enzymy z glykolýzy a zjištěte pomoci nástroje KEGG Mapper, v jakých drahách se nachází.