Tato sekvenace se prilis nepovedla v tom, ze po iniciaci FC na 66 poru, zacalo sekvenovat jenom 33 a velice rychle tento pocet klesl na cca 10. V kombinaci s tim, ze pozitivni kontrola prevazuje na porech, mame velice malo dat pro samotne vzorky, nejvice kolem 1000 readu u jednoho z barkodu. Nastesti beh na nove zakoupene velke FC bezi nad ocekavani dobre a na druhy den tam uz bylo 8GB dat. Problem s prevazujici pozitivni kontrolou je ale pritomen i tam, zrejme slo o vlastnost knihovny. Bud prilis velke mnozstvi kontroly nebo zla kvalita vzorku po izolaci. NA techto datech uz muzete zkouset svoej pipeliny, ale hlavni objem dat bude az z druheho sekvenatora. Klic pro barcodes jeste musim zjistit.

Vzhledem k nizke vyteznosti lze uvazovat vytahnout z "fail" treba jeste kvalitu Q=7 (phred skore pro kvalitu pass od 8 vyse je videt v reportu)

Vlozil jsem link, ale nevim presne, jestli sftp:// nebo treba scp:// nekomu z Vas funguje v prohlizeci, me tedy ne. Takze uvedu i slovne:

Nahral jsem data ze sekvenatoru na stroj aura/adonis, na druhy z nich pry uz letos maji pristup vsichni studenti. Snad jsem strefil prava pristupu tak, aby jste se k nim dostali, kdyz tak piste. Cesta na aure je /data/lexa/20221017_1538_MN34986_FAV36531_9a1db0d5  (popripade cely balik dat /data/lexa/projekt1-big.tgz).

Uvedomil jsem si, ze barcode 12, jelikoz tech dat bylo tak moc, tam neni zdaleka kompletni, zastavil jsem kopirovani do archivu. Coz ale znamena, ze jsem utal i cely adresar unclassified, kde muzou byt pouzitelne ready po lepsim barcodingu. Pravdepodobne se dostanu k dalsimu upload az v pondeli, kdy bych to chtel napravit a objevi se tam pak jeste ten adresar unclassified.