Súradnice vzorkov
Súradnice 1
Súradnice 2
Výpočetné nástroje:
Base Calling - gpu guppy,(doc guppy), bonito
Quality control - MinIONQC
**Assembly - Flye, MetaVelvet, Meta-IB-Da, Genovo
**Alignment -> DIAMOND, BLAST, Clustal
**Alignment for taxonomy -> bowtie2
Taxonomy - cuCLARK, Kraken2
**Genes annotation - MetaGeneMark, GlimmerMG, MetaGene, Orphelia, MetaGun
**Alpha diversity analysis - …
Visualisation - Python, R
**Polishing()
pipeline - SnakeMake
Výpočetné zdroje:
Lokalny stroj (GTX 1080ti)
Výpočtový server Adonis
Rozsirenie (3 clenna skupina):
Využitie GPU k akcelerácii výpočtov:
base calling: gpu guppy
taxonomy: cuCLARK
Metagenome-assembled genome:
assembler: Flye
Vedecká publikácia s podobným výzkumom :
Nanopore sequencing and its application to the study of microbial communities
(example) Long-read metagenomics retrieves complete single-contig bacterial genomes
from canine feces