Metagenomická analýza pôdy
Adam Michalík a Filip Jozefov
Odber Vzorku
● Brno, Komín
● 49°14'43.344"N
● 16°32'28.177"E
● Nezorané pole
● Pri letisku Medlánky
● Pestovaná plodina: Slnečnica ročná
● Dve vzorky v blízkosti 20 metrov
Výpočetné nástroje a zdroje
● Zdroje: Metacentrum
● Pipeline: SnakeMake
● Workflow:
Raw Data Sequences Taxonomy
VisualizationVisualization
Basecalling
Guppy
Classification
Kraken2
Fast QC Kro na
Quality controlBarcode removal
Porechop AfterQC
Články
● Nanopore DNA Sequencing for Metagenomic Soil Analysis
○ https://www.jove.com/t/55979/nanopore-dna-sequencing-for-metagenomic-soil-analysis
○ Identifikácia druhov v pôde z nanopore dát (článok navýše popisuje aj biochemickú prípravu)
○ FastQ dáta sekvencí vybrali priamo z Fast5 súborov pomocou HDF viewer
○ Klasifikácia skrz BLASTN vyhľadávanie podobností voči NCBI non-redundantnej databáze
● Metagenomic tools in microbial ecology research
○ https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166921000240
○ Dobrý prehľadový článok
○ Prehľadný zoznam použiteľných nástrojov
● Signal based processing of metagenomic data from nanopore sequencing
○ https://dspace.vutbr.cz/bitstream/handle/11012/187119/324_eeict2017.pdf
○ obsahuje jednoduchý simulovaný metagenom vhodný na vytváranie pipeline
Ďakujeme za pozornosť