Detekce kontaminací mikrořasových kultur
● Kultivace mikrořas: výživa (např. ω3), krmiva (akvakultury), farmacie,
kosmetika, biohnojiva, atd.
● Dlouhodobá produkce se potýká s problémem kontaminací, které
mohou znehodnotit kulturu během několika dnů, riziko šíření a
perzistence, ztráta produktu + náklady na dekontaminaci → důležitost
včasné detekce
● Kotaminanty: bakterie, viry, houby, býložravý zooplankton (rotifera,
améby, atd.), ale i necílové mikrořasy
Převzato z: Global Seafood Alliance
Možnosti detekce
● Mikroskopie: málo efektivní, pracná, náročná na expertýzu
● Průtoková cytometrie: efektivnější, citlivost nižší než u mol. metod
● Sekvenace: citlivá, lze zachytit i nečekané kontaminanty, zdlouhavá
● Metody založené na PCR: vysoce citlivé, rychlé, leč je třeba znát
kontaminant, který chceme detekovat
● qPCR („real-time“ PCR): fluorescenční detekce produktu během reakce,
vysoce citlivá i specifická
qPCR: převzato z Allgenetics
Vývoj metody
● Cíl: vyvinout metodu, kterou budeme schopni rychle a spolehlivě
detekovat kontaminanty v kulturách mikrořas
● Úkol 1: analyzovat složení populací mikrořas a jejich parazitů a
konzumentů žijících ve vodách ČR (SR)
● Úkol 2: optimalizovat qPCR pro detekci širokého spektra mikrořasových
kontaminant s důrazem na ty detekované jako běžné v prostředí ČR (SR)
Převzato z: vutbr.cz