IV108 Bioinformatika II

Semestralni rekapitulace - 13. 12. 2023

 OPAKOVÁNÍ - odpovědi na otázky za příslušnými kapitolami  v knize Pevsner (2009) Bioinformatics and Functional Genomics

OBSAH KE STUDIU

Jonathan Pevsner (2009). Bioinformatics and Functional Genomics, 2nd edition. 
Wiley-Blackwell, New York, 951pp.
47-98 PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT
101-138 BLAST
141-> ADVANCED DATABASE SEARCHING
  142-155 Specialized BLAST sites
  161-169 BLAST-like alignment tool to search genomic DNA rapidly
79-> BIOINFORMATIC APPROACHES TO RNA
  279-288 Introduction, non-coding RNA
421-460 PROTEIN STRUCTURE
517-565 COMPLETED GENOMES
  544-547 DNA sequencing technologies
  547- The process of genome sequencing
639-> THE EUKARYOTIC CHROMOSOME 
  643-650 General features of eukaryotic genomes and chromosome
  650-661 Repetitive DNA content of eukaryotic chromosomes791-838 HUMAN GENOME


Otevrene otazky je zkousce

1. Teorie informace a biologicke sekvence - diskretni nahodna promenna jako pozice v sekvenci - markovuv retezec prvniho nebo vyssich radu - entropie - vzajemna informace - pouziti v analyze sekvenci - sekvencni logo https://www.mdpi.com/1099-4300/22/6/627CH 1-2 https://bioinformaticshome.com/bioinformatics_tutorials/sequence_alignment/introduction_to_information_theory.html

2. Korelovane mutace (CMA) - poziti mnohocetneho zarovnani a MI k odhaleni statisticky zajimavych mist s potencialni strukturni funkci (B 385-386) https://www.mdpi.com/1099-4300/22/6/627Section 3.5

3. Struktura proteinu - vzdalene kontakty mezi aminokyselinami a jejich fyzikalne chemicka podstata - zjistovani podobnosti struktur - RMSD - databaze CATH (BFG 421-460 B CH12)

4. Stabilita DNA duplexu - odhad Tm a metoda nejblizsich sousedu - souvislost parovani vlaken s PCR - DNA vypocty - DNA origami https://en.wikipedia.org/wiki/Nucleic_acid_thermodynamicshttps://www.researchgate.net/publication/225747195_DNA_Computing_and_its_Application CH1-5 https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_origami

5. Struktura RNA - algoritmus Nussinove (BFG 279-288 B CH6)

6. Tradicni algoritmy pro zarovnani sekvenci - BLAST a jeho odvozeniny, Pattern Hunter - skore/e-value/p-value - skorovaci matice BLOSUM, PAM (BFG 47-98 101-138 142-155 B CH3)

7. Moderni offline algoritmy pro vyhledavani/mapovani sekvenci - hashovaci tabulka/suffixove pole - BLAT - bowtie, minimap - k-mery a minimizery (BFG 161-169 B 66-70 91-93 NGS-DSI 115-125)

8. Skladani genomu - prekryvove a deBruijnovy grafy - nastroj VELVET (NGS-DSI 127-139)

9. Metagenomika (B CH16)

10. GSEA analyza mnoziny genu - nastroj gProfiler (B 299-302)

11. Anotace genomu - BED/GFF format - prohlizece genomu Genome Browser/IGV (B CH4-5)

12. Repetitivni oblasti genomu (BFG 650-661 B 138-141)


B - Baxevanis et al. (2020). Bioinformatics. John Wiley and Sons Ltd, 656 pages.

NGS-DSI - Brown (2015). Next-Generation DNA Sequencing Informatics. 402 pages.

BFG - Pevsner et al. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics. John Wiley and Sons, 1168 pages.

Předchozí
Následující