Zobrazte v IGV spolu s anotaci z predchoziho kroku sekvenacni data ze sekvenatoru (soubor http://www.fi.muni.cz/~lexa/S100_cluster_mapped.fastq). K tomu je potreba

1) Namapovat sekvence z FASTQ na referencni sekvenci (FASTA), napr. pomoci software BOWTIE2 (bowtie2-build vytvori index, bowtie2 pak provede mapovani; vsimejte si statistiku namapovanych sekvenci na vystupu). Vystupem je SAM soubor.

2) Konvertovat SAM na BAM, aby bylo mozne tento pouzit k vizualizaci nampaovanych sekvenci v IGV. Pouzijte software samtools, po konverzi pres 'samtools view' jeste sort a index. Serazeny a indexovany BAM pak lze do IGV nacist, index musi zustat ve stejnem adresari.

Odevzdavejte kratky komentar a screenshot vizualizace v IGV, kde je videt anotaci a namapovane sekvence bud nektereho z genu nebo cele oblasti.

Vykonejte obdobnou analyzu s RNA-seq daty (viz take Cviceni NGS vyse). Cilem bude krome kontrolni vizualizace spocitat sekvence namapovane na jednotlive geny v zajmove oblasti a timto odhadnout relativni expresi techto genu. K pocitani lze vyuzit samtools s prepinacem -c a zadanym regionem. Odevzdavejte kratky komentar se screenshotem podobne jako v ukolu 8, ale jeste s tabulkou relativnich poctu namapovanych sekvenci na jednotlive geny (relativni exprese).

Simulovana metagenomicka analyza. Namichejte si sekvenacni ready v pomeru pokryti genomu 2x z E.coli a 10x z bakterie Salmonela. Takto ziskana cvicna data analyzujte poskladanim do contigu nastrojem VELVET (1b), namapovanim contigu na metagenomickou referenci nr nastrojem DIAMOND s nastavenim pro dlouhe ready (1b), s naslednim binningem a vizualizaci v nastroji MEGAN. Odevzdejte seznam pouzitych prikazu, strucny popis postupu a vystupy (v pripade vetsich souboru muze byt i sample). Minimalni vystupy: contigs, mapovaci tabulka (napr. rma6 format z diamondu) a screenshot z MEGANu s taxonomickou analyzou. Jaky pomer techto dvou druhu Vam vysel? Odpovida to ocekavani?