IV108 Bioinformatika II

13.týden - Transpozony a anotace s nastrojem genometools - 6. 12. 2023


Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/fi/podzim2023/IV108/um/genometools.pdf
UKOL 14 (1 bod)

Detekujte transpozon v ATHILA4-1 sekvenci v GypsyDB, nejprve pomoci dotmatcher http://bioinf.ibun.unal.edu.co/cgi-bin/emboss/help/dotmatcher pak genome tools ltr-harvest (http://avrilomics.blogspot.com/2015/09/ltrharvest.html).

Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/fi/podzim2023/IV108/um/ltrdb.fa

UKOL 15 (2 body)

Za pomoci vhodnych nastroju naleznete a analyzujte nukleotidovou sekvenci libovolneho LTR-retrotransposonu. Identifikujte minimalne LTR opakovani a sekvence kodujici gag a pol geny nebo jejich zname casti. Vytvorte GFF3 soubor popisujici hierarchickou strukturu tohoto LTR elementu a za pomoci aplikace AnnotationSketch z balika Genome Tools (pripadne pomoci vhodneho genomoveho prohlizece) element vizualizujte. Odevzdavejte obrazek, GFF3 a kratky komentar.