1. Sekv.data a anotace
Links:
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Vyhledejte nukleotidovou sekvenci DNA genu pro laktát dehydrogenázi A (lactate dehydrogenase A) z Bacillus cereus (kmen 4430/73). Vyhledejte informace o tomto genu pro vyplnění následující tabulky:
  Skratka genu:
  ID genu (locus):
  ID nukleotidové sekvence:
  Délka kódující sekvence:
  ID proteinu:
  Počet aminokyselin:
  E.C.:

2. Sekvenční podobnost (
a) Vyhledejte 3 nejpodobnější nukleotidové sekvence u E.coli
  ID:
b) Vyhledejte 3 nepodobnější aminokyselinové sekvence u kvasinky Saccharomyces crevisiae
  ID: 
a člověka
  ID: 
=== Links:
===   https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
===   http://www.ch.embnet.org/pages/services.html
===   http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/pise/protdist.html
===   http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/outils/cgi-bin/Pise/kitsch.pl
===   http://cgi-www.daimi.au.dk/cgi-chili/phyfi/go
=== Vyhledejte pravděpodobné ortology cvičné sekvence u 10 různých organismů === (např. jako sekvenčně nejpodobnější sekvenci v daném genomu) a s 
=== využitím programu CLUSTALW sekvence zarovnejte (multiple alignment).
=== Pomoci programů BOXSHADE vizualizujte výsledek mnohočetného zarovnání. (BONUS 1b)
=== Pomoci programu PROTDIST vypočtěte numerické hodnoty podobnosti mezi 
=== sekvencemi. Pomoci programu KITSCH/PHY.FI vizualizujte fylogenetický 
=== strom organismů sestrojený na základě sekvenční podobnosti našeho genu. (BONUS 1b)

3. Funkce
Funkce podobného genu dle Gene Ontology pro E.coli (rozdělte podle
tří ontologií):
=== Links:
===   http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/go.cgi
===   http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/
=== Seřaďte zjištěné identifikátory GO do grafu znázorňujícího jejich vztahy
  Funkce genu slovně: 

4. Poloha v genomu
Links: 
  http://microbes.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?db=eschColi_K12
Které geny by mohli s ldhA u E.coli sdílet společný promotor?
  Symbol: 

5. Struktura
Links: 
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi
  http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/
  http://www.molsoft.com/pdbv.html
  (http://en.bio-soft.net/3d.html)
Vyhledejte nejpodobnější aminokyselinovou sekvenci v databázi PDB
  PDB ID:
Strukturu prozkoumejte:
  Sek.struktura (ano/ne)
    alfa:
    beta: