PROBLÉM 1 – DNA sekvence (jednotlivě)
Zjistěte co nejvíce informací o lidském genu BRCA1
1) jaké má identifikátory a synonyma (NCBI, Ensembl)
2) Kde se nachází v lidském genomu (UCSC Genome Browser)
3) Jakou má sekvenci
4) jaká je struktura genu (kolik exonů v jaké celkové délce?)
5) Jaké podobné sekvence jsou známé u savců a kterých, je něco
podobného ve kvasinkách? (BLAST)
PROBLÉM 2 – DNA sekvence (skupinově)
Analyzujte genom a proteom koronaviru nového typu (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/)
1) Kolik sekvencí je v NCBI? V jiných organismech kromě člověka?
2) Na jaké pozici je “spike protein” (označován jako S)?
3) Uložte si >20 sekvencí do souboru (formát FASTA) a vygenerujte mnohočetné zarovnání
(multiple alignment).
4) Kolik pozic referenčního genomu v intervalu 200-29800 obsahuje v některé ze sekvencí mutaci
oproti referenčnímu genomu?
5) Anotujte mutace podle toho jestli jsou v kódující nebo nekódující části genomu a podle procenta
výskytu ve Vaší sbírce.
PROBLÉM 3 – DNA (sekvenační data)
1) Hledejte sekvenační experiment na lidské DNA s párovými “ready”
(SRA, ENA)
2) Pro Vámi vybraný experiment, jaké jsou parametry (typ sekvenace,
biologický materiál)?
3) Kolik RNA-seq experimetů je zveřejněno u knotovky bílé (silenka
širolistá)?
4) Jaké jiné experimenty kromě DNA-seq a RNA-seq obsahují veřejné
databáze?
PROBLÉM 4 – Proteiny (sekvence i struktura)
1) Jaká je sekvence a doménové složení lidského proteinu BRCA? (Uniprot)
2) S jakými jinými doménami se kombinují domény BRCA1? (Interpro,
Pfam, BLAST)
2) Je známá struktura BRCA1? (PDB,Uniprot)
3) Jaké má struktura proteinu vlastnosti (sekundární struktura, příslušnost
k rodině a pod.) CATH-SCOP?
4) Jaké podobné proteiny existují u jiných organismů? (Gene Ontology?)